대법원은 최근 가락동농수산물도매시장 시설현대화사업 부가가치세 과세 기준을 1단계 사업에만 별도로 책정하는 것이 아니라 사업 전체를 기준해야 한다는 판단을 내놨다.

대법원은 서울시농수산식품공사가 송파세무서를 상대로 청구한 부가가치세 경정거부처분취소 소송에서 원고승소 판결 원심을 파기하고 사건을 서울고등법원으로 환송했다.

재판부에 따르면 서울시공사는 가락시장 사업장에서 시설현대화사업을 1~3단계로 나눠 순차적으로 시행하는 계획을 밝혔고 2015년 사업부지에 판매동 6동과 관리업무동 1동 등 총 7개 건물의 시설현대화를 완료했다.

이 기간까지 2~3단계 사업은 자체 사업계획으로 수립한 상황이었으며 예정된 부지 내에서 기존과 동일한 방식으로 도매시장관리사업 및 부동산 임대업을 영위했다.

서울시공사는 2010년부터 2013년까지 부가가치세를 신고하면서 공동매입세액에 해당하는 1단계 사업과 관련된 매입세액에 대해 가락시장 사업장에서 발생한 면세사업의 공급가액이 총 공급가액에서 차지하는 비율로 나눠 면세사업 관련 매입세액을 계산했다.

이후 1단계 사업만을 기준으로 총 예정 사용면적 중 면세사업과 관련된 예정사용면적 비율로 나눠 계산해야 한다는 이유로 송파세무서에 감액경정신청을 했으나 세무서는 예정사용면적은 1단계 사업만이 아니라 1~3단계 사업 전체를 기준으로 정해야 한다는 이유로 감액경정을 거부했다.

원심에서는 1단계 사업만을 기준으로 매입세액을 안분해야 한다고 밝혔다.

재판부는 “서울시공사가 추진한 가락시장 시설현대화사업은 농수산물의 초과 반입과 도·소매 시설 혼재로 인한 혼잡과 유통비용의 증가를 해소키 위해 3단계에 걸쳐 주요시설을 재건축하는 내용으로 진행됐다”며 “서울시공사는 기존 상인들의 영업이 일시에 중단되지 않고 계속 유지될 수 있도록 단계별 순환개발 방식을 택했다”고 밝혔다.

또한 현대화사업이 진행되는 단계에 맞춰 단일사업장은 가락시장 사업장 부지를 3등분해 1단계가 진행되는 중에는 1단계 해당부지에서 영업을 하던 상인들이 가락시장 사업장 내 다른 부지로 옮겨 영업을 지속할 수 있게 했다며 2~3단계도 같은 방식으로 각 해당부지에서 영업을 하던 상인들에게 시행되기 전 부지로 옮겨 영업을 지속할 수 있도록 할 예정이었다고 말했다.

재판부는 원심은 과세기간 동안 가락시장 사업장 내에서 발생한 공급가액이 1단계 사업과 관련된 매입세액과 관련되지 않는 것으로 시행령 조항 적용 법리를 오해했다고 설명했다.